Ekenässjöns kyrka invigdes år 1971 av biskop Olof Sundby.
År 1955 föreslog Sven Westberg att kyrkorådet skulle utreda möjligheten att bygga en småkyrka i Ekenässjön och en småkyrkokommitté utsågs. Arkitekt Per Rudenstam från Jönköping anlitades att göra ritningar till kyrka och församlingsgård. På platsen där kyrkan skulle stå satte man upp ett enkelt kors av björk och gudstjänster hölls där under sommartid, den första i maj år 1965. I kyrkorummet finns en vacker korbonad, komponerad av textilkonstnärinnan Inga-Mi Vannerus-Rydgran. Den är vävd av Hemslöjden i Jönköping och skänkt till kyrkan av Ekenässjöns kyrkliga sykrets. Även kormattan, ett komplement till korbonaden, är skänkt av den kyrkliga sykretsen.
Läs mer:
På 1950-talet gjordes på uppdrag av biskop Elis Malmeström en utredning om var i stiftet det fanns behov av en småkyrka.
År 1965 inköptes samhällets vackraste tomt. I november år 1969 kom byggnadstillståndet för församlingsgården och klockstapeln. Klockorna är tillverkade av Bergholtz klockgjuteri i Sigtuna.